造紙廢水中含有大量細小的纖維、泥沙、鈣鎂離子等物質，細小纖維和泥沙可通過氣浮等預處理設施大部分去除。而鈣鎂離子等無法通過有效的預處理去除，會直接進入厭氧反應器中。
    廢水在厭氧處理過程中除了產生甲烷，還會產生大量的二氧化碳，鈣鎂離子和二氧化碳在堿性條件下會生成碳酸鈣、碳酸鎂附著在厭氧污泥表面，從而使污泥失去活性，即所謂的鈣化。輕量的鈣化對厭氧反應器的運行影響不大，大量的污泥鈣化會使反應器內活性污泥減少，同時鈣化的污泥占據厭氧反應器大量的有效容積，導致厭氧的去除率大幅度的降低，并最終導致厭氧反應器的癱瘓。
    運行過程中可通過如下措施應對污泥鈣化，從而保持厭氧反應器的正常運行：
    1.鈣化通常發生在堿性條件下，因此可通過調節進水的pH值來減緩厭氧污泥的鈣化；
    2.鈣鎂離子濃度越高鈣化速度越快，因此可通過降低進水鈣鎂離子濃度的方法來實現，可用降低進水濃度增大進水流量的進水方式來達到目的；
    3.在厭氧反應器增加排泥排沙設施，在反應器內不同位置不同高度增加排泥排沙管道，同時要預防管道阻塞；
    4.隨著鈣化污泥的排出，反應器內活性污泥會減少，因此需要不定期的補充新鮮污泥，可用其他厭氧反應器的剩余污泥或者用好氧剩余污泥培養。